Noch stärker griff Maria Theresias Sohn und Nachfolger, Kaiser Joseph II. (1780-90), in das innere Gefüge der Länder ein und band diese stärker an die Zentrale in Wien. Die von ihm geschaffene Behördenorganisation bedeutete gleichzeitig die politische Entmachtung der Landstände. Die Landeshauptmannschaft und das ständische Verordneten-Kollegium wurden aufgehoben, ihre Geschäfte übernahm die seit 1. November 1783 im Linzer Landhaus bzw. später im 1785 aufgehobenen Minoritenkloster amtierende obderennsische Regierung. Ihr stand als Präsident der bisherige Landeshauptmann Graf Christoph Wilhelm II. von Thürheim vor, aber 1786 aus Protest gegen die josephinischen Reformen seine Ämter zurücklegte. Das Gerichtswesen wurde von der politischen Verwaltung weitgehend getrennt und den "obderennsischen Landrechten" übertragen.
Um die geplante Steuer- und Urbarialregulierung durchführen zu können, ordnete Joseph II. am 20. April 1785 die Vermessung und Verzeichnung aller Gründe sowie die Bestimmung ihrer Erträge an. Die Steuer sollte einheitlich nach der Größe und der Ertragfähigkeit des gesamten Grundbesitzes bemessen werden. Als organisatorische Basis des neuen Steuersystems schuf er neue Steuergemeinden (Katastralgemeinden), deren Grenzen vornehmlich nach topographischen Grundsätzen gezogen wurden. Der nach Katastralgemeinden angelegte, Josephinisches Lagebuch genannte Steuerkataster, der bäuerliche und herrschaftliche Gründe erfasste, bot erstmals die Möglichkeit, den gesamten Grundbesitz im Lande einheitlich zu besteuern. Unter den vielen reformerischen Maßnahmen Kaiser Josephs II., die den Unwillen der Bevölkerung erregten, stieß die Steuer- und Urbarialregulierung auf besonderen Widerstand, und zwar sowohl bei den Ständen als auch bei den Untertanen, die den fixen Steuersatz vom Bruttoertrag wegen der wechselnden Ertragslage als ungerecht empfanden.
Unter Joseph II. kam es auch zur Aufhebung zahlreicher Klöster und zur Gründung des Bistums Linz, dessen Diözesan- mit den Landesgrenzen identisch waren. Diese waren 1779 erweitert worden, da es gelungen war, nach dem Tode des letzten bayerischen Wittelsbachers das Gebiet zwischen Inn, Salzach und Donau für Oberösterreich zu sichern und als "Innviertel" dem Lande anzugliedern.
Nachdem Joseph II. noch zu Lebzeiten verschiedene Neuerungen zurücknehmen hatte müssen, sah sich sein Bruder und Nachfolger Leopold II. gezwungen, die in den habsburgischen Ländern entstandene Unruhe einzudämmen.
