Die Amtstierärztin und der Amtstierarzt sind im Rahmen ihrer Tätigkeiten auch für die Überwachung bzw. Kontrolle des ordnungsgemäßen Einsatzes von Tierarzneimittel bzw. Impfstoffen verantwortlich. Zu diesem Zweck sind jährlich mindestens zwei Prozent der Nutztierhaltungsbetriebe einer amtstierärztlichen Kontrolle auf Einhaltung der gesetzlichen Bestimmungen (Tierarzneimittelkontrollgesetz, Rückstandskontrollverordnung) zu unterziehen.
Alle Arzneimittel, welche bei Tieren, die der Lebensmittelgewinnung dienen, angewendet werden, sind mittels Behandlungs- bzw. Abgabebeleg durch den Tierarzt zu dokumentieren. Dort wo ein Landwirt im Rahmen eines tiergesundheitsdienstlichen Betreuungsverhältnisses in die Anwendung von Arzneimitteln eingebunden werden darf, hat dieser die durchgeführten Anwendungen in ein betriebseigenes Register einzutragen.