Nach einem kurzen Interregnum folgten die Habsburger als Landesfürsten von Österreich nach, die damit auch die von den Babenbergern gewonnenen Gebiete westlich der Enns übernahmen. Keimzelle des späteren Landes ob der Enns wurde das von Herzog Albrecht I. 1281 geschaffene Gericht ob der Enns im heutigen oberösterreichischen Zentralraum, das zunächst gleichrangig neben anderen Rechtsbezirken stand, nämlich dem Ischlland, der Grafschaft Schaunberg, den Herrschaften Steyr, Freistadt und Waxenberg sowie den Landgerichten Riedmark und Machland. Bis in das 15. Jahrhundert konnte der Vertreter der habsburgischen Landesherrn, der Hauptmann (seit 1478 Landeshauptmann) ob der Enns, seine Gewalt auch auf diese Rechtsbezirke ausweiten.
Während des territorialen Zusammenwachsens dieser Landesteile erhöhte sich aber auch die Selbstständigkeit des Gebietes westlich der Enns (= ob der Enns) gegenüber dem Erzherzogtum Österreich (unter der Enns). Die Stände des Landes ob der Enns hielten im 15. Jahrhundert zunehmend ihre eigenen Landtage ab. In den Jahren 1458 - 1462 hatte das Land erstmals in Erzherzog Albrecht VI. einen eigenen Landesfürsten. Bedeutsam für die weitere Verselbstständigung war die Regierungszeit seines Bruders Kaiser Friedrichs III., der seine Residenz fallweise nach Linz verlegte und hier auch im August 1493 verstarb. Er nannte diese Stadt im Jahre 1490 erstmals Hauptstadt seines Fürstentums Österreich ob der Enns.
Kaiser Maximilian I. vergrößerte das Land ob der Enns im Bayerischen Erbfolgekrieg 1506 unter anderem um das Mondsee- und St. Wolfgangland. Im Laufe des 16. Jahrhunderts mussten die Bischöfe von Passau in ihrem Herrschaftsbereich nördlich der Donau die österreichische Landeshoheit über den westlichsten Teil des Oberen Mühlviertels anerkennen; der heutige Grenzverlauf nördlich des Jochensteins zwischen Bayern und Oberösterreich wurde 1765 durch einen Staatsvertrag zwischen dem Fürstbistum Passau und Österreich festgelegt.
