Nach dem Tod des letzten männlichen Althabsburgers, Kaiser Karl VI., marschierten 1741 Franzosen und Bayern, welche die Tochter des Kaisers, Maria Theresia (1740 bis 1780), nicht als Erbin anerkannten, in Oberösterreich ein, und die Stände des Landes mussten dem Kurfürsten von Bayern als ihrem neuen Landesherrn huldigen. Aber in einem erfolgreichen Gegenstoß gelang es den Truppen der jungen Herrscherin bald, die Landeshauptstadt Linz zurückzuerobern und den ursprünglichen Zustand wiederherzustellen. Die Erfahrungen beim Antritt ihrer Herrschaft bewogen Maria Theresia, ihr auf der Pragmatischen Sanktion beruhendes, absolutistisches Staatswesen einer strukturellen Reform zu unterziehen. Der Umbau erstreckte sich auf den Bereich der Verwaltung und der Behördenorganisation, wobei der Einfluss der Stände zurückgedrängt wurde. Die österreichischen und böhmischen Ländergruppen wurden unter gemeinsamen Zentralbehörden zu einem einheitlichen Staat zusammengefasst, der im Rahmen der habsburgischen Gesamtmonarchie bis 1918 bestand.
Maria Theresia schuf die Grundlage für die Organisation eines stehenden Heeres. Im Zuge der Neuorganisation des Heerwesens wurden Kasernen errichtet und bestimmten Truppenkörpern feste Garnisonsorte zugewiesen. Mit der Konskription genannten "Seelenbeschreibung" von 1770/71 waren eine pfarrweise Häusernummerierung und eine Zählung der Zugtiere verbunden. Auf dieser Grundlage erfolgte die Einteilung des Landes in Werbebezirke, die bestimmten Regimentern zur Ergänzung zugewiesen wurden. Die Wehrpflicht lastete vor allem auf den untersten, besitzlosen Schichten. Die Neuordnung des Finanzwesens zielte darauf ab, die Einnahmen der Länder und den Einfluss des Staates auf diese Einnahmen zu steigern. Die finanzielle Last sollte gerechter verteilt und die bisher übliche Steuerhinterziehung durch die Grundherrschaften abgestellt werden. Eine 1748 auf Befehl Maria Theresias geschaffene ständische Rektifikations-Deputation musste daher von allen Grundherrschaften des Landes ein neues Bekenntnis der gesamten herrschaftlichen und bäuerlichen Besitzungen vornehmen lassen. Das Ergebnis dieser Theresianischen Fassion war das Theresianische Gültbuch. Die Steuerrektifikation erleichterte zwar im allgemeinen die Lage der bäuerlichen Bevölkerung, beendete jedoch nicht die Ungleichheit der Besteuerung von herrschaftlichem und bäuerlichem Grund. Diesem Eingriff in die ständischen Rechte und Freiheiten ging eine tiefgreifende Umgestaltung der Landesverwaltung voran. Es erfolgte eine weitgehende Trennung von Verwaltung und Justiz. 1748 wurden Kreisämter eingerichtet, welche die Gesetze vollziehen, die Grundherrschaften in ihrem Verhältnis zu den Untertanen kontrollieren und die Magistrate der landesfürstlichen Städte und Märkte beaufsichtigen sollten. Die Kreiseinteilung entsprach den Landesvierteln. Von großer Bedeutung für das Land ob der Enns war der Erwerb des Innviertels im Jahre 1779.
Durch den Tod des bayerischen Kurfürsten Maximilians III., der keine Kinder hatte, fiel das bayerische Erbe dem Kurfürsten Karl Theodor von der Pfalz zu, der jedoch an Bayern wenig Interesse zeigte und der gerne bereit war, es gegen habsburgische Besitzungen im Westen zu tauschen. Jedoch erhebt der Preußenkönig Friedrich II. Einspruch gegen diese Abmachungen, was schließlich zum "Bayerischen Erbfolgekrieg" führte. Erst 1779, mit einem Waffenstillstand im März und mit dem Frieden von Teschen im Mai, wird dieser Krieg beendet. Mit diesem Frieden wird das Innviertel ein Teil Oberösterreichs.
