Während der Kriege mit dem revolutionären Frankreich und im Anschluss dann mit dem Kaiserreich Napoleons wurde das Land dreimal von französischen Truppen besetzt (1800, 1805, 1809), überdies mussten zeitweise das Innviertel und Teile des Hausruckviertels an Bayern abgetreten werden. Nach dem Ende dieser kriegerischen Epoche und der Wiederherstellung des Landes kam auch das Territorium des ehemaligen Erzstiftes Salzburg durch mehr als drei Jahrzehnte als fünfter Kreis unter die Verwaltung der Landesregierung in Linz.