Der Einmarsch deutscher Truppen und der "Anschluss" Österreichs an das Deutsche Reich, den Hitler am 13. März 1938 in Linz vollzog, wurde von vielen Menschen begrüßt. Gleichzeitig setzte die Verfolgung von Mitbürgern aus politischen und rassischen Gründen ein.
Der "Heimatgau des Führers" - aus Oberösterreich war Oberdonau geworden - erfuhr nachhaltige Veränderungen durch Gebietserweiterungen im Süden (Bezirk Bad Aussee) und Norden (Bezirke Krumau und Kaplitz von der besetzten Tschechoslowakei), den Aufbau wichtiger Rüstungsindustrien (Stahl, Chemie, Aluminium, Zellstoff) und große Bauvorhaben besonders in Linz. Fremd- und Zwangsarbeiter mussten während des Zweiten Weltkrieges mangelnde heimische Arbeitskräfte ersetzen.
Im Konzentrationslager Mauthausen und seinen zahlreichen Nebenlagern im ganzen Land fielen über 100.000 Menschen der NS-Gewaltherrschaft zum Opfer, Schloss Hartheim diente als Tötungsanstalt für Behinderte und Häftlinge. Ab 1944 wurde das Land, zunehmend mit Flüchtlingen überfüllt, zum Ziel schwerer alliierter Bombenangriffe, bevor es in der letzten Kriegsphase selbst Kampfgebiet wurde.
