Seit ca. 1520 fand der Protestantismus mit besonderer Unterstützung des Adels rasche Verbreitung im Land. In der Folge formierte sich eine starke politische Bewegung der protestantischen Landstände ob der Enns, die mit anderen verbündeten Mächten dem katholischen absolutistischen Landesfürstentum der Habsburger 1620 militärisch unterlag. Das Land ob der Enns wurde von 1620 bis 1628 an den bayerischen Kurfürsten verpfändet.
Die bäuerliche Bevölkerung lehnte sich in heftigen Aufständen 1525, 1595/97 und 1626 gegen Bedrückungen durch das grundherrschaftliche System und die seit 1600 verschärfte katholische Gegenreformation auf. Seit 1624 mussten viele protestantische Landesbewohner ihres Glaubens wegen die Heimat verlassen. Der Bauernkrieg von 1626 war die schwerste kriegerische Auseinandersetzung auf österreichischem Gebiet während des Dreißigjährigen Krieges.
Der Protestantismus lebte jedoch im Geheimen weiter, weshalb manche seiner Anhänger 1734/35 und 1752 bis 1756 von neuerlichen Zwangsaussiedlungen (Transmigrationen nach Siebenbürgen) betroffen waren. Auch der spanische Erbfolgekrieg 1703/04 brachte leidvolle Erfahrungen für die Bevölkerung besonders im Westen des Landes.
