| 1497 | Bau der ersten Donaubrücke zwischen Linz und Urfahr |
| 1506 | Erwerb des Mondsee- und St. Wolfganglandes sowie der Herrschaften Neuburg am Inn und Rannariedl durch Kaiser Maximilian I. im Bayerischen Erbfolgekrieg |
| 1519 (12. Jänner) |
Tod Kaiser Maximilians I. in Wels |
| 1521 (27. Mai) |
Hochzeit König Ferdinands I. mit Anna von Ungarn und Böhmen in Linz |
| seit ca. 1520 | Rasche Verbreitung des Protestantismus im Lande ob der Enns |
| 1525 | Erster Bauernaufstand |
| 1564-1571 | Erbauung des Landhauses in Linz durch die Landstände |
| 1582-1593 | Erzherzog Matthias residiert im Linzer Schloss. |
| 1595-1597 | Zweiter Bauernaufstand |
| 1601-1602 | Aufstand im Salzkammergut |
| 1612-1626 | Der Astronom Johannes Kepler wirkt an der Landschaftsschule in Linz. |
| 1620-1628 | Verpfändung des Landes ob der Enns an Kurfürst Maximilian von Bayern |
| seit 1624 | Auswanderungen protestantischer Landesbewohner infolge strenger landesfürstlicher Religionsgesetze |
| 1625 (15. Mai) |
"Frankenburger Würfelspiel", Blutgericht des bayerischen Statthalters Graf Herberstorff über aufständische Bauern |
| 1626 | Großer allgemeiner Bauernaufstand |
| 1672 | Gründung der Linzer Wollzeugfabrik |
| 1734/35 und 1752-1756 |
Zwangsaussiedlungen (Transmigrationen) protestantischer Untertanen nach Siebenbürgen |
