Die Erhebung der Gewässerbelastungen im Zuge der IST-Bestandserhebung hat gezeigt, dass die Fließgewässer Oberösterreichs vor allem durch hydromorphologische Eingriffe, das sind bauliche Veränderungen wie Regulierungen oder Querbauwerke, erheblich beeinträchtigt sind. Außerdem stellen Wasserausleitungen und Staue Belastungen dar. Vor allem die vielen Querbauwerke sind aus ökologischer Sicht problematisch, da sie viele Fische an ihren typischen Wanderungen, etwa zum Aufsuchen von Laichplätzen hindern. Der Nationale Gewässerbewirtschaftungsplan sah für den ersten Zyklus bis 2015 insbesondere vor, dass Querbauwerke in den Gewässern so umgebaut oder durch Fischaufstiegsanlagen ergänzt werden, dass die wichtigsten Fischarten in den größeren Flüssen wieder größere zusammenhängende Lebensräume erhalten.
Im Bundesländervergleich zeigen die Fließgewässer in Oberösterreich einige Besonderheiten:
Auf Grund der geographischen Lage liegen in unserem Bundesland zahlreiche größere Flüsse, welche typische Lebensräume der sogenannten mittelstreckenwandernden Fischarten wie z. B. Nase, Barbe und Huchen darstellen. Gleichzeitig sind gerade diese Strecken auch aus energiewirtschaftlicher Sicht besonders interessant und in Oberösterreich bereits in hohem Maße durch Wasserkraftwerke genutzt. Inn, Donau, Enns und der Unterlauf der Traun stellen bereits praktisch geschlossene Stauketten dar. Auch in den Unterläufen der größeren Zubringer zu diesen Flüssen bestehen zahlreiche Kleinkraftwerke, aber auch viele Einbauten der Schutzwasserwirtschaft.
Die Herstellung der Durchgängigkeit für Fische an allen Hindernissen bis 2015 wurde als nicht machbar eingeschätzt.
Deshalb wurden die zu sanierenden Gewässerstrecken in Oberösterreich gegenüber dem Bundesentwurf nochmals reduziert. Dabei wurde versucht mit den vorhandenen Mitteln möglichst große Verbesserungen zu erzielen. An den so ausgewählten Gewässerstrecken, sie werden auch als "prioritäre Strecken" bezeichnet, sollen bis 2015 – soweit technisch machbar – möglichst alle Querbauwerke und Ausleitungsstrecken fischpassierbar gemacht werden. Je nach finanziellen Möglichkeiten werden auch erste Renaturierungsmaßnahmen umgesetzt. Insgesamt umfassen diese prioritären Strecken in Oberösterreich rund 770 Kilometer Fließgewässer bzw. rund 300 Sanierungsstandorte, an denen die ökologische Durchgängigkeit hergestellt werden soll. Die außerhalb dieser prioritären Strecken liegenden Gewässerabschnitte sollen bis 2021 oder 2027 saniert werden.
