Der Tiefengrundwasserkörper "Thermalgrundwasser" erstreckt sich in Österreich in Teilen der zwei Planungsräume "Donau bis Jochenstein" und "Donau unterhalb Jochenstein" und in Deutschland (Bayern) bis Regensburg. Auf bayerischer und oberösterreichischer Seite wird das Thermalwasser sowohl zur Wärmegewinnung als auch für badetherapeutische Zwecke genutzt.
Zur nachhaltigen Nutzung des Thermalgrundwasserkörpers wurden von der Expertengruppe "Tiefenwasser" im Auftrag der Ständigen Gewässerkommission nach dem Regensburger Vertrag Grundsatzpapiere zur Thermalwassernutzung im niederbayerisch-oberösterreichischen Molassebecken ausgearbeitet, deren Umsetzung in den jeweiligen wasserrechtlichen Verfahren erfolgt.
Da es sich bei diesen Grundsätzen um wesentliche wasserwirtschaftliche Rahmenbedingungen für die Bewirtschaftung handelt, wurden diese inhaltlich auch in den Nationalen Gewässerbewirtschaftungsplan aufgenommen. Es handelt sich um Maßnahmen zur Beibehaltung des guten Zustandes, wofür neben dem Stand der Technik folgende Gesichtspunkte beim Betrieb von Thermalanlagen zu beachten sind:
- Ausschließlich energetisch genutztes Thermalwasser ist wieder in den Entnahmehorizont (Malm) zurückzugeben.
- Die Verwendung des Thermalwassers hat sparsam und bedarfsgerecht zu erfolgen. Bei badetherapeutischen Nutzungen orientiert sich der Bedarf an der Anzahl der Badegäste sowie an der Anzahl und der Größe der Badebecken.
- Bei der Herstellung und beim Verschluss von Thermalwasserbrunnen sind unterschiedliche unterirdische Horizonte dauerhaft voneinander zu trennen bzw. einzeln abzudichten.