Natürliche oder künstlich angelegte Oberflächengewässer spielen bei der Freizeitgestaltung eine große Rolle. Während der Badesaison herrscht daher an den meisten dieser Gewässer ein reger Badebetrieb. Im Gegensatz zu einem Freibad besitzen natürliche Badegewässer jedoch keine chemische Wasseraufbereitung und -desinfektion. Man muss daher vor allem bei starkem Badebetrieb oder an Badestellen an Fließgewässern mit einer erhöhten bakteriologischen Belastung rechnen.
Baden im See: Ein See ist weiters viel weniger als das Grundwasser vor Verunreinigungen aus der Umgebung geschützt. Daher treten vor allem im Frühsommer oft Ablagerungen von Blütenstaub auf, die auf den ersten Blick wie eine Gewässerverunreinigung wirken können, aber ein Teil der natürlichen Kreisläufe sind. Gleiches gilt für das im Herbst einfallende Laub und bei Hochwässern eingeschwemmtes Treibholz oder pflanzliches Material, das im Gewässer nur sehr langsam abgebaut werden kann. An solchen Gewässern kann es (im Gegensatz zu chlorierten Freibädern) fallweise zu Sedimentaufwirbelungen durch Fische oder Badegäste kommen, die sich den Wasserkörper mitunter mit Wasservögeln, Schnecken, Algen und sonstigen Wasserpflanzen teilen müssen.
Baden in Flüssen: Prinzipiell sind die Badestellen an Fließgewässern anfälliger auf witterungsbedingte Veränderungen: besonders nach Gewittern können diffus (z. B. aus der Landwirtschaft) oder punktuell (z. B. aus Kläranlagenentlastungen) vermehrt Keime eingeschwemmt werden. Fließgewässer sind bei der Wasserqualität traditionellerweise etwas problematischer, da es über längere Strecken zu sogenannten Sammeleffekten kommen kann. Starkregenfälle können stärkere, zeitlich begrenzte Belastungen mit Bakterien liefern.
Nach Hochwässern, bei starken Temperaturschwankungen oder in einigen Fällen auch durch natürliche Standortbedingungen kann es zu Trübungen und Verfärbungen kommen, die im allgemeinen unbedenklich sind, solange nicht gleichzeitig die hygienischen Parameter erhöht sind. Aus diesem Grund werden an den hier ausgewiesenen EU-Badegewässern und einigen anderen Badeplätzen während der Badesaison regelmäßig Wasserproben entnommen und auf die bakteriologische Belastung hin untersucht. Anhand der Ergebnisse wird eine Einstufung der Badeeignung dieses Gewässers durchgeführt.
