- Kleinkraftwerke unterbrechen das Gewässerkontinuum, entnehmen der Alm Wasser, wodurch der Lebensraum für anspruchsvollere Gewässerorganismen stark beeinträchtigt wird.
- Hochwasserschutz: In einigen Gemeinden liegen Baulandflächen in den gelben bzw. roten Gefahrenzonen, was die Bewohner dieser Flächen im August 2002 bitter zu spüren bekamen.
- Veränderter Geschiebetransport im Flussbett (keine Durchschleusung des Geschiebes möglich) führt zu Verlandungen im Ober- und Mittellauf und Eintiefung im Unterlauf.
- Zersiedelung im südlichen Almtal: Zahlreiche Raumnutzungen (Siedlungen, Verkehrsflächen, Schotterabbau, Freizeitnutzungen) erheben Anspruch auf den Talraum.
- Kormoran, Gänsesäger und Graureiher sind als fischfressende Vogelarten bei Fischern wenig beliebt. Vor allem der Kormoran kann in bestimmten Situationen Äschenbestände deutlich dezimieren.