- Verschiedene Formen der Freizeitnutzung (Bootsfahrten, Badenutzung und Tauchen) stellen eine erhebliche Störung für die auf den Schotterbänken brütenden Wasservögel sowie für natürliche Fortpflanzung der Fische.
- Angeln auf Schotterbänken kann zu einer massiven Störung der dort brütenden Wasservögel führen.
- Mit der Ausweisung der Traunschlucht als Vogelschutzgebiet wurde ein großes Konfliktpotenzial geschaffen. Die Naturschutzabteilung des Landes Oberösterreich ist bestrebt, die erforderlichen Maßnahmen im Dialog mit den Betroffenen zu setzen.