Gemäß § 31 Lebensmittelsicherheits- und Verbraucherschutzgesetz (LMSVG) hat der Landeshauptmann nach einem vom Bundesministerium für Gesundheit vorgegebenen Nationalen Kontrollplan sowohl die Betriebe als auch Waren zu überwachen.
Für die Hygienekontrollen in Schlacht-, Zerlege- und Wildbearbeitungsbetrieben müssen hierfür jedenfalls Tierärzte für die Durchführung dieser Kontrollen herangezogen werden, welche in Oberösterreich analog den Tierärzten für die Schlachttier- und Fleischuntersuchung vom Landeshauptmann für diese Tätigkeit amtlich beauftragt werden (§§ 24, 28 und 54 LMSVG). Auch die Hygienekontrollen in anderen zugelassenen Betrieben (Tiefkühlhäuser, Verarbeitungsbetriebe, ...) werden derzeit von amtlich beauftragten Tierärztinnen und Tierärzten und die beim Amt der Oö. Landesregierung und den Magistraten angestellten Amtstierärztinnen und Amtstierärzten wahrgenommen.
Überwacht werden dabei u.a. die Schädlingsbekämpfung, Reinigung und Desinfektion, Raumtemperaturen, Wasserversorgung, Arbeitshygiene, Personalhygiene, Personalschulungen, Rückverfolgbarkeit der Lebensmittel sowie das betriebseigene HACCP-System. Das nunmehr gültige Lebensmittelrecht unterstreicht die Eigenverantwortung der Unternehmer und verpflichtet diese daher auch dazu, betriebliche Hygienemaßnahmen zu dokumentieren. Somit rückt auch in der amtlichen Kontrolle die Überprüfung der betriebseigenen Dokumentation vermehrt in den Vordergrund.
Bei Feststellung von Hygienemängeln reicht das Spektrum der amtlichen Maßnahmen von der Anordnung von hygienischen Verbesserungen gem. § 39 LMSVG über die Einleitung von Verwaltungsstrafverfahren bis hin zur Sperre von Waren oder Betrieben.